在遥远的过去，世界被一种谜般的物质所污染，造成大地荒芜、其中诞生了被称为「污染兽」的异形生物，它们在都市周围伺机猎捕人类、唯一能够让人类存活下去的只有人工世界——以自我意识步行的<自律型移动都市>。在无法生存的严酷世界中，为了不受外敌伤害，人们产生了各种特殊能力。在其中一座学园都市<洁尔妮>里，一名少年拉开了传奇的序幕……
